Что значит перезагружается? Если после возвращения ключа после работы стартера CD продолжает играть с того места, на котором вырубалась, то так и задумано. А если сбиваются настройки, то надо поменять местами провода от Батареи и АСС. Штатное подключение магнитолы предусматривает принудительный разрыв провода АСС при запуске на контактной группе замка зажигания. Если не хочется такой функции, то грамотней всего сделать, как где-то в этом разделе называлось, автоподхват - запитать провод АСС через диод и контакты доп. реле от желтого провода. Реле запитать от зеленого провода. Если врезать в провод АСС еще один диод (до точки прихода питания от первого), то можно слушать магнитолу (пока не выключишь), а часы и электростеклоподъемники работать не будут. Так как через реле и диоды идет небольшой ток (для памяти магнитолы), то можно взять РЭС-10 и IN4001, и распаять в подходящей коробочке, чтобы ничего не замкнуло и не тарахтело.
2.Как вариант: Поочеродно отключите динамики (на разъеме возле магнитолы), возможно, где-то коротит и поэтому греется.