Большинство производителей "автозвука" рекомендуют прокладывать силовые провода и провода, по которым идет сигнал на усилитель или на колонки как можно дальше друг от друга (обычно с левой стороны авто идут силовые, а справой - уже аккустические, но это не принципиально. Главное разнести эти провода.)
Когда заводишь машину, то в силовых проводах появляются гармоники, которые и провоцируют в расположенных рядом аккустических проводах помехи.
Также помехи могут идти уже непосредственно от магнитоллы - на ее питание также желательно поставить фильтр (они продаются).
Вот нашёл в инете такую версию.